Pandur se je rodil leta 1963 v Mariboru. Že kot dijak Prve gimnazije v Mariboru je ustanovil svojo gledališko skupino Tespisov voz - Novo slovensko gledališče in z uprizoritvami že tedaj opozoril nase slovensko in jugoslovansko gledališko javnost.
Leta 1988 je na ljubljanski AGRFT diplomiral iz režije, leto kasneje je mednarodno odmevala njegova uprizoritev Šeherezade Iva Svetine v Slovenskem mladinskem gledališču v Ljubljani. Istega leta je postal umetniški vodja Drame SNG Maribor, ki jo je vodil do leta 1996. Med njegovimi velikimi odrskimi projekti so bili Goethejev Faust, Shakespearov Hamlet, Dantejeva Božanska komedija in drugi.
Po krajšem umiku je nato začel režirati v tujini - New Yorku, Nemčiji in Španiji, kasneje je ustanovil svoje gledališče Pandur.Theaters, ki ga vodi njegova sestra, dramaturginja Livija Pandur. Zanj je med drugim režiral Caligulo Alberta Camusa, med uprizoritvami so bile tudi njegove lastne priredbe, denimo Hazarski slovar Milorada Pavića, Sto minut po Dostojevskem in Tesla Electric Company.
Med njegovimi zadnjimi projekti sta bila dramski diptih po Shakespearovem Rihardu III. in Rihardu II. v ljubljanski Drami leta 2014 ter dramska pesnitev Johanna Wolfganga Goetheja o človeku, ki je prodal svojo dušo hudiču, ki jo je ponovno uprizoril po 25 letih. Najprej leta 2014 v Madridu, nato so Fausta premierno videli obiskovalci lanskega ljubljanskega poletnega festivala. Ljubljanska Drama, v koprodukciji katere je nastala slovenska uprizoritev, je z njim nedavno požela veliko zanimanje na ibero-ameriškem gledališkem festivalu v Bogoti.
Letos se je Pandur nameraval vrniti v rodni Maribor, saj so v tamkajšnji Drami jeseni želeli odpreti novo sezono z njegovo predstavo Brezmadežna.
Bil je izredno plodovit ustvarjalec. Njegove režije so temeljile na priredbah dramskih klasik, h katerim je pristopal na izrazito samosvoj način. Za svoje delo je prejel več slovenskih in mednarodnih nagrad. Med slovenskimi sta bili dve Borštnikovi nagradi ter leta 1991 nagrada Prešernovega sklada.
"Gledališka poetika Tomaža Pandurja je že v Šeherezadi, še bolj eksplicitno pa v Faustu napovedovala, da cilja visoko: na gledališče sveta in na svet kot gledališče, torej na nekakšen totalni theatrum mundi," je o njegovem delu zapisal teatrolog Vasja Predan.